Molti sono i dipinti degni di nota all'interno del San Giovanni, ritenuto un vero e proprio tempio ligariano, per la quantità di opere dei due artisti Pietro e Cesare Ligari presenti in collegiata nonostante il furto sacrilego del 1995 che ha impoverito la chiesa di ben 37 tele. Si ricorda di Cesare Ligari l'ovale con "l'Annunciata", posta sopra il pulpito o la tela di Pietro Ligari anch'essa di forma ovale con "Davide mentre suona l'arpa" a destra della cappella di S.Giuseppe. Di Giuseppe Petrini è invece un ovale raffigurante Mosè e il roveto ardente a sinistra della cappella di S. Giuseppe.