La facciata si erge fiera e solenne sulla piazza lastricata a sampietrini e poggia su due gradini che vanno a formare un sagrato rialzato. Il fronte si presenta leggermente concavo volendo così esprimere il concetto barocco di Chiesa Madre che accoglie a braccia protese i fedeli. La superficie globale è di 810 mq. di cui ben 696 in ghiandone locale ed il resto a intonaco color eburneo. L'edificazione della facciata ebbe inizio nel 1738, solo dopo la benedizione e l'officiatura (1714) della chiesa iniziata nel 1680. La complicata erezione della monumentale facciata venne interrotta nel 1742, forse per mancanza di denaro, per poi proseguire dal 1765 al 1780 anno in cui si concludono i lavori. Il tempio viene solennemente consacrato lo stesso anno da parte del vescovo di Como Giovanni Battista Mugiasca: cento anni dopo la posa della prima pietra della chiesa.

Il progetto originale, attribuito a Pietro Ligari, prevedeva l'inserimento ai lati della facciata di due campanili slanciati e severi. Con il passare del tempo e il mutare del gusto si optò invece per una soluzione che le conferì l'attuale aspetto: coronata da un aerea balconata e affiancata da due ali laterali che offrono all'insieme un tono più leggiadro e squisitamente settecentesco. Il programma iconografico è trattato come una sorta di Biblia Pauperum e strutturato mediante il rapporto tra l'Antico e il Nuovo Testamento come enunciato nella targa dedicatoria posta sotto l'orologio "Christo Deo et praecursori MDCCLXXX". L'insieme fastoso e teatrale può vantare un ricchissimo e qualitativamente alto apparato scultoreo che fa del San Giovanni il più importante monumento barocco della provincia. Al centro della facciata, sopra il portale, osserviamo un tondo in stucco con L'Agnello mistico eseguito su disegno del morbegnese Giovan Pietro Romegialli, mentre ai lati, collocate in due nicchie con bella cornice mossa, trovano posto le statue di San Pietro a sinistra e San Paolo a destra eseguite da Stefano Salterio in marmo molle. Del Salterio sono pure tutte le altre statue della facciata, esclusa quella posta centralmente e in cima che raffigura il Redentore impreziosito da una ricca aureola raggiante e da una croce in ottone. Si osservino: sulle ali laterali Santa Maria Maddalena a destra e Santa Elisabetta a sinistra; nelle nicchie sovrastanti le precedenti la Vergine Assunta a destra e San Giuseppe col Bambino a sinistra. Accanto il finestrone due putti raffiguranti la Fede (croce) a destra e la Speranza (ancora) a sinistra. Sulla balaustra Mosè a destra e Davide a sinistra. Concludono la decorazione plastica le due teste di putti sopra il finestrone e sopra il portale, cartouche, torce, vasellami, fiori e frutta giustamente apposti.