Il bel altare ospita la tela più insigne della collegiata, raffigurante La Madonna col Bambino e S. Filippo Neri dipinta da Giovanni Battista Pittoni, uno dei più luminosi rappresentanti della pittura veneziana del Settecento. Nel 1872 Giovanni Gavazzeni, il pittore valtellinese più significativo dell'intero XIX secolo, dipinse a fresco sulle pareti laterali due episodi della vita di S. Filippo Neri, mentre sulla volta l'apoteosi del Santo. Ai lati dell'altare erano collocate due tele dipinte da Cesari Ligari raffiguranti a destra Il miracolo di S. Abbondio che risuscita un bambino e a sinistra S. Pietro risana S. Agata. Le due tele furono trafugate nel 1995.