L'attuale edificio venne edificato a partire dal 1680, in sostituzione di uno più antico, sempre dedicato a San Giovanni Battista, che sorgeva sull'area dell'attuale piazza. La posa della prima pietra avvenne da parte dell'arciprete Giovanni Battista Castelli di Sannazaro. Il cantiere continuò senza interruzioni fino al 1714. Non sappiamo chi furono gli architetti che progettarono il nuovo tempio, definito già allora il secondo della diocesi dopo la cattedrale di Como. E' lampante comunque la derivazione dalla lezione borrominiana; vi lavorarono, infatti, maestranze provenienti dal ticinese, territorio d'origine Borromini. La realizzazione del S. Giovanni fu talmente apprezzata che si possono trovare in Lombardia edifici sacri che hanno per modello proprio il tempio morbegnese. Un esempio per tutti, la parrocchiale di Nembro in provincia di Bergamo.

Il 24 giugno 1780 il nuovo S. Giovanni venne solennemente consacrato dal Vescovo di Como Giovanni Battista Mugiasca.

L'interno della chiesa è sicuramente tra i più aggiornati esempi di chiese barocche nell'intera provincia. Il corpo principale è infatti costituito da una grande ellisse posta longitudinalmente, sulla quale si affacciano otto cappelle. Le due maggiori, collocate dietro ad una serliana, dedicate rispettivamente allo “Spirito Santo”e alla “Madonna del Carmine” ; quattro inserite nei pilastri che sorreggono la grandiosa volta, sormontate da aerei matronei, dedicate a S. Michele Arcangelo , S. Giuseppe , S. Filippo Neri e alla Deposizione o al Crocifisso . Vi sono infine altre due piccole cappelle situate vicino l'entrata principale, una per la custodia del fonte battesimale e l'altra dedicata a S. Domenico.

La chiesa può essere comunque ritenuta, se si esclude l'area presbiteriale e dell'abside, a pianta centrale. Si può infatti tracciare una croce greca di metri 39 per metri 39. Le pareti interne sono scandite da 34 lesene in finto marmo, su 12 delle quali si possono vedere le croci della consacrazione dipinte nel 1780 dal morbegnese Giovan Pietro Romegialli. La costruzione del grande tempio richiese grandi sforzi finanziari da parte della comunità morbegnese che poté comunque godere di lauti contributi offerti dalle più autorevoli famiglie nobiliari del borgo, i Parravicini, i Castelli di Sannazaro, i Malacrida , i Delfino e i Cotta. E' stato scritto del San Giovanni: "Come monumento eretto in un periferico paese di provincia, regge il paragone con gli edifici barocchi della Roma papale". L'interno arricchito da notevoli cicli d'affreschi e da molte tele fa del San Giovanni un'importante pinacoteca dell'arte del '700 valtellinese.