I raffinati affreschi che ornano la cappella sono opera del valtellinese Giacomo Parravicini detto il Gianolo, come pure del Gianolo sono le due tele ovali poste sulle pareti laterali. Osserviamo a destra S. Carlo Borromeo che apre il Collegio Elvetico ai chierici valtellinesi e a sinistra S. Francesco di Paola che ridona la vista ad un cieco. Il pregevole altare marmoreo è arricchito dall'intensa pala, opera di Andrea Lanzani, con Il transito di San Giuseppe. Collocata appena sopra la mensa dell'altare è l'urna vitrea in stile barocco eseguita nel 1933 da Riccardo Politi di Milano con le ancora molto venerate spoglie del Beato Andrea da Peschiera, un frate domenicano vissuto nel convento di S. Antonio in Morbegno. Le sue reliquie furono traslate solennemente in S. Giovanni dalla chiesa di S. Antonio il 30 Agosto 1798.