La zona dell'altar maggiore appare molto ampia e differente nel disegno rispetto al resto del tempio, ma ugualmente felice nella conclusione dell'impianto architettonico della chiesa. La zona del presbiterio è coronata da una grande cupola emisferica. Pregevole è la mossa balaustra opera di Giovanni Battista Adami (1717) e l'altar maggiore disegnato da Pietro Ligari (prima metà del XVIII secolo). Ai lati dell'altare sopra due mensole in stucco, sono collocate due statue di Angeli oranti opera di Carlo ed Elia Buzzi prestigiosi scultori del rococò lombardo. Nel 1727 l'abside ed il suo catino furono affrescate da Pietro Ligari. Vi appaiono Il Battesimo di Cristo e I Quattro Dottori della Chiesa inseriti in raffinate architetture dipinte, tra cui trovano posto due medaglioni monocromi con figure di profeti. Nella calotta troviamo Il Trionfo dei simboli della Passione con al centro l'impo- nente reliquiario ligariano contenente la "Sacra Spina di Cristo". Le vetrate raffiguranti S. Pietro e S. Paolo furono eseguite a Ginevra agli inizi del ventesimo secolo. Il coro ligneo in noce addossato alla parete absidale, è del 1714.