Sita nel Centro storico di Morbegno, si erge con la sua imponente facciata, arricchita di statue realizzate da Stefano Salterio, fra elementi in ghiandone locale. La costruzione edificata nel 1680, in sostituzione di una più antica, nasconde al suo interno una vera e propria pinacoteca, ricca di opere d'arte quali “La Madonna col Bambino” e “San Filippo Neri” del Veneziano Gianbattista  Pittoni  e  molte  altre  opere  di  Pietro  e  Giuseppe  Ligari,  i  maggiori  pittori valtellinesi del XVIII secolo. La Collegiata fu identificata nella Diocesi seconda solo al Duomo di Como. Dalla pianta a forma ellittica si notano le otto cappelle, le due principali dedicate alla “Madonna  del  Carmine”  e  allo  “Spirito  Santo” ,  fra  le  minori  due  ricavate  nei  pressi dell'ingresso,  una  fino  a  pochi  anni  fa  ospitava  il  fonte  battesimale, l'altra  dedicata  a S.Domenico e altre quattro ricavate dai pilastri di supporto della cupola principale dedicate a “S.Michele Arcangelo” , “S. Giuseppe” , “S. Filippo Neri” e alla “Deposizione o al Crocefisso” .

Nel 1995  la  Collegiata  di  S.Giovanni fu teatro  di  un furto sacrilego:  ben  37 antiche tele provenienti dai vari siti religiosi chiusi nel periodo napoleonico e da donazioni di famiglie nobiliari furono trafugate.